徐光启任江南招抚使、南京总督的时候，主持新军编组训练，力主‘精’选人才,训练新兵,还自愿担任练兵的工作。新军练兵衙‘门’成立了一个月,徐光启在朝廷方面要人没人,要饷没饷,闲得没事干，后来,好容易靠江南士绅大家族募捐到军饷。在他支持下，俞咨皋淘汰了被塞入新军的老弱残兵,能够勉强充数的只有二千人,更说不上‘精’选了。全靠了江南各个大家族支持，新军才达到如今的规模。

徐光启委托李之藻派‘门’人张焘、孙学诗到广东秘密向澳‘门’商人购买了红夷炮四尊，这是明朝朝廷首次向外国买大炮之举,其资金实际是徐光启个人出的。徐光启极力向朝廷进言：“今时务独有火器为第一义”“可以克敌制胜者,独有神威大炮一器而已。”但这四‘门’炮买来运到新军大营后，没多久那些外籍炮师就被遣返了，而徐光启个人资金实在有限,也无力再去买炮了。

因此，此刻新军15000余人，其中炮营1000余人，像样的大炮就这四尊最早由徐光启购入的西洋大炮，其余的皆是明朝军营中常见的佛郎机一流的老式火炮。

徐光启北调京师入阁为大学士后，有人就公开要求完全解散这支部队，原因之一就是军中有西洋军事教官存在。何事外招远夷,贻忧内地,使之窥我虚实,熟我情形,更笑我天朝之无人也?”主张“罢止续取之差,以杜内衅。”徐光启随即针对此疏上言，极力分辨红夷（荷兰人）和澳夷（葡萄牙人）的不同，卢兆龙因反驳曰：

“堂堂天朝，必待澳夷而后强？……臣自幼习读孔孟之书，改过迁善、省身克己之事，经文备之矣，不识世间有天主一教与所谓唐朝景教者……臣言夷人不可用，非言火炮不可用。”自由小说阅读

他以为一‘门’大炮只要摆在那里，就是可以当做武器用了。

有人对徐光启的工作大肆攻击，指责他“一味迁腐”，不应“以词臣而出典兵”，选拔兵士是“‘骚’动海内”，练兵的目的“无非骗官盗晌之谋”，“以朝廷数万之金钱，供一己逍遥之儿戏，…….误国欺君其罪大”。对军事技术什么都不懂的文官们本能的认为堂堂天朝怎么能借用蛮夷的军队、用蛮夷武器打仗呢？特别是新任兵部尚书崔景荣极力反对徐光启的提议，加上协办新军的户科给事中姚宗文弹劾他种种不是，受到排挤的徐光启被迫称疾归乡，回老家上海种田养‘鸡’去了。他一力倡导的新军事业也随之成了无主孤儿。那些外籍军事人员，明官员认为是不吉之兆,“遂断其必有害而无利,立命返澳,毫无挽回余地”,将徐光启辛苦从澳‘门’雇来的葡萄牙军事人员全部遣返澳‘门’。

俞咨皋在徐光启从北京称疾归乡之后，已经对新军事业几乎绝望了。新军成立几年来，不但没有建立起配套的后勤补给系统，如今连日常军饷都开始拖欠了。协办新军的户科给事中姚宗文如今是新军的“太上皇”，俞咨皋的军令出了自己亲卫营，就得依靠姚宗文才能顺利执行。

而姚宗文出身浙党，与江南富绅大家族关系密切，他如今控制了新军的粮饷来源，一切钱粮来往都由他过手，所有款项物资在他手中经过后，十不存三、甚至十不存一。姚宗文和余姚谢家的一些人勾结，把新军当成了他们的额外收入来源。近半年来，新军上下几乎没有增加一支火枪、一两火‘药’和一发子弹。姚宗文对屡次前来讨要补给的俞咨皋说：“兵士训练何须真枪实弹，只需端枪练习姿态即可。我军的火‘药’子弹皆是京师所产，补给困难，俞将军还是体谅一下朝廷的难处吧？”

俞咨皋闻言心中暗地里叹息，只好失望而归，在自己老营中军帐中喝酒醉卧。