关于问题明思宗烈皇帝朱由检一生有几个儿子？一共有 2 位热心网友为你解答:
【1】、来自网友【小岛知风】的最佳回答：
1988 年河南省洛阳市栾川县老君山传出了发现明末帝崇祯皇帝朱由检长子也就是太子朱慈烺之墓，这也引发了世人对崇祯儿子们的结局关注。
崇祯一生有七子六女，不过夭折了不少孩子，在闯王李自成攻入北京时，崇祯身边还有次女长平公主和三女昭仁公主以及长子朱慈烺、三子朱慈炯、四子朱慈炤。
1644 年三月十八日清晨，李自成的起义军围攻京城，崇祯召集不来大臣上朝，他就明白大势已去，大明要亡了，他为了保存血脉特意将三个儿子派人送了出去。
送走儿子之后，崇祯就先命令妻子周皇后和袁贵妃自缢殉国，又让哥哥天启帝朱由校的妻子也就是皇嫂懿安张皇后自缢殉国。随后崇祯又持剑亲手刺死了年仅 6 岁的三女昭仁公主，在准备杀次女年仅 15 岁的长平公主时，由于长平公主挥臂挡剑被砍断一臂，晕死过去，崇祯以为她死了，就没再理会。
后来长平公主侥幸活了下来，她和因体重超重压断绳子没能自缢成功的袁贵妃都被清朝赡养起来，她们俩都在清朝顺治时期去世。
在赐死妻子、嫂子又杀女之后，崇祯试图在太监们的保护下突围失败，最终崇祯无奈之下带着心腹太监王承恩跑到景山自缢殉国。
崇祯本以为把三个儿子抢先送走就能保证他们平安，结果他的三个儿子最终还是全都落到了李自成手里。
原来崇祯派太监王之心、栗宗周、王之俊三人护送三个儿子去靖难名将朱能的后人成国公朱纯臣处，崇祯亲自手书给朱纯臣下旨命他总督京城兵马，伺机护送三位皇子到南京再造大明。
但是李自成起义军很快攻进了京城，朱纯臣早已被义军诛杀，当时起义军已经在京城四处开始搜捕明朝皇室，王之心、栗宗周、王之俊护送着三名皇子出宫很快就遇到义军盘查，王之心当场被义军所杀，栗宗周和王之俊十分害怕，于是主动将三名皇子交给了起义军，就这样崇祯的三个儿子就被带到了李自成面前。
朱慈烺毕竟是从小被当成大明接班人培养，十分有气度，他见到李自成之后并不害怕，他的两个弟弟在他的带领下也都肃然不惧，李自成看他们兄弟三人最大的朱慈烺不过 15 岁，朱慈炯和朱慈炤分别只有 12 岁和 11 岁，这三个小娃娃居然丝毫没有恐惧之色，让李自成对他们刮目相看。
李自成特意为吓唬朱慈烺严厉地问他为何朱明皇室会失去江山，朱慈烺则很淡定地回答奸臣误国，还给李自成提醒，不要信任这些投降的明朝官员，这些人都是不忠不义之辈，反而会误了李自成的大业，朱慈烺还要求李自成速速把自己和弟弟们都杀掉。
朱慈烺的回答让李自成对他刮目相看，李自成没有杀害朱慈烺三兄弟，而是告诉他们，称他们都是无辜的孩子，自己是起义军替天行道，不会加害他们。于是朱慈烺又向李自成提出要以帝王之礼安葬崇祯的要求，被李自成答允。崇祯和周皇后的尸体由此才能归葬于明十三陵之中。
后来李自成派人去山海关与统率明朝精锐骑兵关宁铁骑的总兵吴三桂谈判，当时吴三桂得知太子朱慈烺还在世，于是以关宁铁骑的实力要求李自成尊朱慈烺为义兴皇帝，并以朱慈烺的名义颁布全国，宣布明朝与李自成起义军合力抗清。
结果后来由于李自成拷掠吴三桂的父亲吴襄，于是吴李之间谈判就崩盘了。李自成亲率大军前往山海关准备灭掉吴三桂，而吴三桂为了抵御李自成只得向清朝摄政王多尔衮投降，引清兵入关。
李自成在率军攻打吴三桂时，为了能要挟吴三桂，特意把朱慈烺三兄弟也带在军中，最后李自成的起义军被吴三桂联合清兵击败，在败逃途中，朱慈烺三兄弟则趁乱逃跑了。不过由于三兄弟在逃跑中失散，因此三人最终结局也各不相同，下面就说一说三兄弟的各自结局。
隐居老君山出家的朱慈烺
由于朱慈烺逃跑之后下落不知所踪，南明政权为了满清利用朱慈烺做文章，于是崇祯的堂兄朱由崧在南明登基称帝后，就替朱慈烺发丧，称其在清军入关时被满清杀害，并追谥朱慈烺为献慜太子，在鲁王朱以海监国时期又改追谥朱慈烺为悼皇帝。
但是现代老君山上出现了朱慈烺隐居当道士的事迹，还有太子墓的出现，因此不少历史学者认为朱慈烺后来很可能逃跑到了老君山上当了道士隐居起来。
其实朱慈烺很有可能逃跑到老君山，历史上崇祯在位期间曾多次派人到栾川开采银矿，朱慈烺也跟随崇祯来到过栾川县，他对这里应该比较熟悉。加上崇祯的爷爷明神宗万历皇帝朱翊钧曾在栾川老君山敕建了金顶太清观，所以朱慈烺是很可能逃亡到了这里并在金顶太清观出家当了道士。
按照老君山下太子墓中的碑文记载朱慈烺一直活到康熙十八年（1679 年）才去世，终年 51 岁，现今老君山一带还流传着很多朱慈烺的传说。
让康熙头疼的朱三太子朱慈炯
崇祯第三子朱慈炯在逃跑之后也是不知所踪，不过谁也不会想到朱慈炯后来会成为清朝历史上赫赫有名的清圣祖康熙皇帝的噩梦。
在康熙一朝但凡爆发反清复明的起义，都会打出朱三太子朱慈炯的名号，其中影响最大的就是杨起隆假冒朱慈炯一案。
康熙十二年(1673 年）爆发了以清朝平西王吴三桂为首的三藩之乱，在三藩之乱爆发的同时，京城也爆发了朱三太子率起义军企图攻打紫禁城一事。
朱三太子攻打紫禁城的事情由于消息被泄露，因此还没来得及攻打紫禁城，就已经被清朝政府给剿灭。但是组织者朱三太子朱慈炯却没有被抓住，此后一直在逃。
直到七年后也就是康熙十九年（1680 年），潜逃七年之久的朱三太子在西安被抚远大将军图海抓获，随即被押送京城审讯。
康熙为了审理朱三太子，特意找来了前明旧臣和宫廷太监辨认，后经辨认才知道这个人并不是朱慈炯，在被戳穿之后，朱三太子才招供自己真名叫杨起隆。
原来这个杨起隆是无业游民，自幼在京城长大，他和很多前明的宫廷老太监都很熟识，从他们那得知了崇祯和皇子们的生活习惯。
因此杨起隆后来看到三藩之乱导致天下大乱，于是他就萌发了趁乱冒充朱慈炯以反清复明为口号来号召一些无业游民还有汉八旗包衣奴才准备攻打紫禁城的想法。最终杨起隆被康熙下令凌迟处死。
虽然杨起隆被杀了，但是此后康熙时期爆发的福建漳州蔡演起义、江苏太仓张念一起义、江南金和尚起义、浙江四明山起义，这些起义军都打出了辅佐朱三太子反清复明的口号，朱慈炯就成了那个时期反清复明的金字招牌，让康熙头疼不已。
不过据清末民初的历史学家孟森先生考证，康熙最后还是真正捕杀了朱慈炯。在康熙四十七年（1708 年）时，康熙巡幸江南，康熙在南巡期间他又被人以朱三太子反清复明的名义行刺，康熙怒不可遏，于是命令全国各地的地方官暗中一定要加大力度排查朱慈炯的行踪。
后来山东汶上县当时已经 75 岁的教书先生王士元被当地官员盯上了，当地官员之所以重点排查王士元，就是因为这个人给子孙后代起名字十分怪异，起的名字都是五行字旁的生僻字，字辈排行也都很像朱明皇室的字辈排行，所以地方官就把这个王士元抓了起来审讯。
审讯过程非常顺利，王士元很坦然地交代自己就是崇祯皇帝第三子定王朱慈炯。原来当初朱慈炯在逃亡过程中被一名前明王姓官员所救，这名官员先带他逃回了浙江余姚老家，但是随着后来清军攻入江南，他们觉得不安全，于是就跑到了山东汶上县定居。
此后朱慈炯就改姓为王，并起名为王士元，这个名字也是原是王的谐音，他还认这名王姓官员为父亲，二人以父子相称。
后来朱慈炯一直隐姓埋名以教书为生，朱慈炯娶妻生子之后，他不忍背弃祖宗宗谱，加上他以为改姓为王也不会再引人注意。于是他按照明太祖朱元璋给明成祖朱棣这一脉定下的字辈中“高瞻祁见祐，厚载翊常由，慈和怡伯仲，简靖迪先猷”，以自己“慈”字辈的下一辈“和”字以及第三个字的“土”字偏旁部首给儿子起名字。
就这样已经 75 岁的朱慈炯及他的子孙都被押到京城交由康熙亲审，但是康熙却坚持不承认朱慈炯的身份，原因就是清朝为了安抚天下汉人之心，曾承诺将奉朱明皇室后裔为王爵，奉养朱明皇室后裔。
但是把前朝皇室后裔留下来总是定时炸弹，尤其朱慈炯的朱三太子名号还这么有号召力。所以康熙坚决不承认王士元就是朱慈炯，以冒充明朝皇室为罪名，将王士元及其子孙后代全部处斩。
后来经历史学家孟森先生考证，康熙就是故意不承认朱慈炯身份，他想借机斩草除根以绝后患，所以才把王士元全家满门全部诛杀，否则仅一个冒充明朝皇室罪名也不至于牵扯满门老幼，这就是康熙做下的杀人灭口之事。
归根到底朱三太子在康熙时期能成为反清复明的金字招牌，还这么有号召力，还在于南明最先给真正的太子朱慈烺发丧，这样一来朱慈烺不管是失踪还是怎么着，在名义上就已经没了，而朱慈烺这个大太子没了之后，朱慈炯这三个太子就比较名正言顺了，加上朱慈炯一直找不到踪迹，所以在康熙时期朱三太子朱慈炯就成了反清复明的金字招牌。
隐居贵州子孙后代繁衍至今的朱慈炤
在 2000 年经贵州明史学家兰东兴教授考证，认定在贵州遵义巷口镇发现的清朝康熙时期邹公夫妻合葬墓的墓主人系崇祯皇帝第四子永王朱慈炤夫妻合葬墓。
原来当年朱慈炤趁乱逃跑之后，在逃亡的路上遇到了明朝吏部侍郎邹元标之子邹之麟，朱慈炤得到了邹之麟的救助。
邹之麟先是带朱慈炤跑到了自己的老家江西吉安，但是由于清军后来很快攻到了江南，邹之麟担心朱慈炤会被查出来，于是又不远千里带他奔赴大西南，跑到了贵州遵义定居。
此后朱慈炤认邹之麟为父，改名为邹启贵，他和邹之麟就这样在巷口镇定居，以农耕为生。
而朱慈炤所生的后人也都放弃了明朝皇室的字辈名字，朱慈炤一辈子隐姓埋名结婚生子都没有被发现，他在临死时向子孙交代了自己实为崇祯帝第四子朱慈炤，并告诫子孙后人不可外泄身份，而身份的传承只能长辈临死时口述传承。
同时朱慈炤在临死时还定下祖训任何情况下邹姓后人都不得与朱姓通婚，并把当初他逃跑时随身携带永王玉印传给了长子这一支，让长房这一支珍惜信物传承下去。
朱慈炤去世后他的后人不敢给他的坟墓立碑，因此在清朝朱慈炤的坟墓只是一处坟堆，直到民国时期，清政府被彻底推翻，邹氏后人才敢给朱慈炤立下了墓碑。
直到现代，朱慈炤的后人已经在贵州遵义繁衍生根，到目前为止已经传承了十三代，现今遵义邹姓后人 300 余人共分 6 支，分居遵义各地，这些邹姓后人皆为朱慈炤后裔。每年清明节遵义各支的邹姓后人都会齐聚在巷口镇，为祖先邹启贵也就是朱慈炤扫墓，朱慈炤的永王印信至今还在长房这一支传承。
写在最后
所以明末帝崇祯这一生有七个儿子，不过夭折了四个，在他自缢殉国时还有三个儿子，崇祯为了保存血脉，特意把三个儿子送走，结果还都被李自成抓住了，幸好崇祯的三个儿子都能侥幸在那个战乱时代活下来。
老大朱慈烺出家当了道士；老三朱慈炯一直隐藏了六十多年，结果没隐住还是暴露了，被康熙满门诛杀灭口了；老四朱慈炤就比较聪明，一直隐居在偏远的西南地区遵义，不仅自己能善终，子孙后代也十分繁盛。
【2】、来自网友【伯虎 42】的最佳回答：
明万历三十八年十二月二十四（阳历已经是 1611 年 2 月 6 日），正逢小年夜。距明成祖朱棣在永乐十八年（1420 年）正式迁都北京已经过去了一百八十九年，大明京师（北京）皇宫紫禁城内的太子寝宫——慈庆宫中，皇太子朱常洛的第五个儿子出生了，其生母为皇太子之低级媵妾“淑女”刘氏。
得到儿子诞生消息的皇太子并没有多少欣喜表情，只不过淡淡地“喔”了一声，然后按照常规报请万历帝，请赐皇孙名，然后给予刘氏一些金帛物品，添加人手侍候照顾，也就算了。不久，宗人府按“皇明祖训”规定，为这个皇孙奉上大名“由检”。
刘氏在慈庆宫中地位低下、平时不得皇太子宠爱，所以连带着这个儿子也不受重视。更重要的是，此时皇太子本人正处在“国本之争”的巨大漩涡中，时刻战战兢兢、对父皇万历帝唯唯诺诺，在跌宕起伏般地政争中躲避着惊涛骇浪。小小的朱由检自出生起，就没有怎么享受过皇孙应该有的幸福待遇，而是在稍显寂寞的环境下，默默无闻地成长。
虽然在万历二十九年（1601 年）时，万历帝朱翊钧在万般无奈之下勉强立庶长子朱常洛为皇太子，但是受宠的郑贵妃想要夺嫡、以亲生儿子皇三子朱常洵取代朱常洛皇太子之位的觊觎心思一直未消，所以朱常洛的皇太子生涯依旧如履薄冰、心情压抑。
处在黯淡无光、朝不保夕的恶劣环境下，皇太子朱常洛长期抑郁惶恐、性情敏感、行动谨慎，时时处在对外保持低调、懦弱、谦卑的心态，导致未老先衰，不到三十岁的年纪，精神上已经过度衰老，胆小怕事、自我封闭。所以，自顾不暇的他在对待亲生儿子们的态度上，也因此多有疏远遗忘、没有精力和心情加以照顾教导，造成了儿子们自幼没有得到系统的教育，童年生活惨淡。七个儿子中，先后夭折五人，只有长子朱由校和五子朱由检得以长大。
即使朱由校和朱由检兄弟平安成长，但由于幼年时的卑微处境（朱由校、朱由检兄弟的生母先后在诡异的后宫争斗中死于非命，而父亲朱常洛对他们也疏于培养，随意安排其他太子妃嫔代为抚养），导致他们的性格各有缺陷，或贪玩少学或偏执猜忌，大明社稷也由此导致衰亡倾颓，这都是后话了。
万历四十八年（1620 年）七月二十一，五十八岁的明神宗万历帝朱翊钧驾崩，在如履薄冰境遇下煎熬了十九年的皇太子朱常洛终于得以熬出了头，于八月初一正式登基，即皇帝位，即大明第十三代皇帝——明光宗。
光宗即位之初，还是颇想有一番作为的，他把父亲神宗在位时期的诸如矿税、榷税等弊政一一罢除，又把因因神宗怠政导致的内阁、六部、诸司部门缺额全部增补官员、使得大明中枢得以正常运转，再发皇宫内帑银予辽东、西北各边镇，犒赏驻守士卒。这可以看出光宗确实是想振作颓废已久的大明朝政，扭转因神宗中晚年怠政而千疮百孔的大明危局的。
可是不过一个月后，万历四十八年（泰昌元年、1620 年）八月三十，即位才二十九天的明光宗朱常洛，几乎没有真正享受过皇帝的权柄、及身为天下至尊威严，就突然因病去世。临终前光宗召英国公张惟贤、内阁首辅方从哲等重臣入宫，将皇长子朱由校托付给他们，遗命诸臣辅佐皇长子，承继大统。
光宗驾崩后，皇长子朱由校继位，改万历四十八年八月之后为泰昌元年，给了父亲身后一丝安慰。同时以明年为天启元年。朱由校即大明第十四代皇帝——明熹宗。
天启二年（1622 年），熹宗将唯一的弟弟朱由检册立为信王，并预备将河南信阳作为弟弟的藩国。这时的朱由检，刚满十二岁。
自天启二年至天启七年（1622-1627 年），信王在京师度过了五年时光，这五年里，大明朝堂内外狂风骇浪、险象环生；内部东林党和阉党的争斗趋于白热化，并导致大批官员被贬斥出朝或者下狱瘐死，外部辽东局势愈发糜烂，后金步步进逼，关外大片疆土丢失。大明社稷积重难返，已经显露颓势。而熹宗热衷于木匠之艺，政务一委魏忠贤及其党羽，以其势力制衡东林党。魏忠贤则借机矫诏操控朝政，皇权因此旁落。
天启六年（1626 年），熹宗和皇后张氏亲自主持，为弟弟信王挑选了原籍苏州的北直隶顺天府大兴县（今北京大兴）生员周奎之女为信王正妃，又另选袁氏、田氏为次妃，然后为信王举办了盛大赐婚典礼。因熹宗自己的三个儿子先后夭折，此时没有子嗣，所以十六岁的信王大婚后也没有前往藩地之国，而是继续留居京师，实际上被当做皇储对待。
天启七年（1627 年）八月，熹宗因西苑游玩时不慎落水，导致病菌侵入肺腑，身体浮肿，卧床不起，之后病情迅速恶化。八月十二，自知命不久矣的熹宗召弟弟信王朱由检入宫，在乾清宫病榻前拉着他的手说：“来，吾弟当为尧舜。”朱由检对着哥哥哭泣叩首，言词不能成句。
天启七年（1627 年）八月二十二，熹宗驾崩，按照他之前奉遗诏，信王朱由检在八月二十四继承大统，登基称帝，以明年为崇祯元年。即大明第十五代皇帝——明思宗。这一年，朱由检十七岁。而他所面对的，是一个风雨飘摇、千疮百孔的王朝。
天启七年（1627 年）十一月初一，经过三个月的准备，思宗发动反击，将祸乱朝纲四年之久的魏氏阉党集团一举拔除，将皇权牢牢控制在自己手中。之后思宗重用东林一党，朝堂中失去制衡点。崇祯一朝因文官集团坐大，谋取私利，导致政局逐渐恶化混沌，中枢政令紊乱、思宗本人又举措失当，大明江山在十七年后终于倾覆。不过这些不是本文的讲述重点，就略过不提了。
思宗登基后，自奉甚简，对于后宫也不是很沉溺，除信王妃周氏依制升为皇后、信王次妃袁氏、田氏升为贵妃外，其他妃子先后只晋封寥寥数人，这在明朝历代皇帝后宫中，基本是最少的了。
崇祯二年（1629 年）二月初四，周皇后为思宗单下嫡长子，这让十八岁的思宗大喜过望，亲自为嫡长子赐名“慈烺”。然后下诏晓谕天下：
“朕为帝王应天历而奉宗祧，首重元储。尤隆世嫡，朕以渺躬，嗣位丕基，祗念我皇祖皇考，集庆发祥，源深绪远。伫昌嗣续，仰慰治谋。兹荷上帝居歆，宗祊垂佑。二月初四日第一子生，系皇后周氏出，中闱开冢嫡之先。万国惬元良之祝。”
以此表示自己获得嫡子的兴奋之情。
崇祯三年（1630 年），思宗于南熏殿授予刚满一岁的长子朱慈烺皇太子金册金宝，并遣官祭告天地宗庙社稷，正式册立朱慈烺为皇太子。这也是大明有史以来，第二个为中宫皇后所出的皇太子（广义上：仁宗、宣宗、英宗都是皇后所生的嫡子（英宗存疑），也先后受封皇太子。但是成祖徐皇后生仁宗时尚为燕王妃、仁宗张皇后生宣宗时是燕世子妃、宣宗孙皇后生英宗时为贵妃，都不是皇后身份。大明真正意义上第一个由中宫皇后所出的皇太子，是武宗朱厚照，由孝宗张皇后所生。）
周皇后在崇祯二年十二月初三（阳历是 1630 年 1 月）再为思宗诞育皇次子（距皇长子诞生仅仅十个月，可以说几乎无间隔），赐名为朱慈烜。
崇祯五年（1632 年）三月，思宗皇三子诞生，生母依旧是周皇后，赐名为朱慈炯。思宗的前三个儿子全部是嫡子，都是中宫周皇后所生，这也可以看出思宗和周皇后夫妻之间感情之深厚。
崇祯五年（1632 年）八月，田贵妃为思宗诞育第四子，这也是思宗第一个庶子。赐名为朱慈炤。
崇祯九年（1636 年），田贵妃诞育皇五子，赐名为朱慈焕。
崇祯十年（1637 年），皇六子诞生，生母也是田贵妃，赐名为朱慈灿。
崇祯十一年（1638 年），思宗第七子出生，生母田贵妃。不过这个儿子的赐名没有被记载下来，所以无名。这也是思宗最小的儿子。
如上述，思宗一共七子，分别是：
皇长子朱慈烺
皇次子朱慈烜
皇三子朱慈炯
皇四子朱慈炤
皇五子朱慈焕
皇六子朱慈灿
皇七子（名已轶）
其中，皇长子、皇次子、皇三子同为周皇后所出；皇四子、皇五子、皇六子、皇七子为田贵妃所出。这表明思宗的后宫，规模确实是非常小了。
前文有述：崇祯三年（1630 年），皇长子，同时也是嫡长子的朱慈烺被册立为皇太子，成为大明王朝的新一代嗣君。
其余六位皇子中：
皇次子朱慈烜在崇祯三年（1630 年）夭折，时年一岁（实际半岁），后追封为怀隐王；
皇三子朱慈炯于崇祯十四年（1641 年）九月册立为定王；
皇四子朱慈炤于崇祯十五年（1641 年）三月册立为永王；
皇五子朱慈焕于崇祯十三年（1640 年）夭折，时年五岁（实际四岁），后追封为悼灵王；
皇六子朱慈灿于崇祯十二年（1639 年）夭折，时年三岁（实际两岁），后追封为悼怀王；
皇七子于崇祯十三年（1640 年）夭折，时年三岁（实际两岁），后追封为悼良王；
至崇祯十七年（1644 年），思宗诸子最终存活的，只有皇太子朱慈烺、皇三子定王朱慈炯、皇四子永王朱慈炤三人而已。
思宗自即位伊始，就面临着内忧外患的危急局面，而他本人又偏激拗执、刚愎严苛、加上对于文武诸臣极度不信任、性格猜忌多疑，致使朝政废弛、法令败坏，国家积重难返；同时因为举措失当、过于加重农民负担，造成天下烽烟四起、农民起义层出不穷。另外辽东后金政权也多次毁边墙入寇，使得大明国势更是雪上加霜，一步步走向灭顶之灾。
崇祯十七年（1644 年）正月，李自成在西安称帝，建立大顺政权，并举兵攻向京师。三月十八，大顺军攻破京师外城。三月十九，困坐宫中的思宗在绝望中召集三个儿子，让他们脱去华贵服饰，改穿平民衣着，然后由亲信太监分别送到外戚周家、田家处躲藏。之后思宗命皇后、袁贵妃自尽，劝皇嫂懿安皇后自尽，又将两个女儿砍杀（长平公主未死、昭仁公主死），自己则在三月十九自缢于煤山，大明王朝中枢至此覆灭。
而逃离皇宫的皇太子和定、永二王，还来不及逃到各自的母家，就被人挟持，献给了刚刚入城的大顺军。面对这几个前朝皇子，李自成还算厚道，没有加害他们，还封朱慈烺为“宋王”，朱慈炯为“定安公”，朱慈炤为“永平公”，妥为照顾。朱慈烺向李自成提出了“不可惊我祖宗陵寝、以礼葬我父皇母后、不可杀戮我百姓”等要求，李自成一一照办。
之后，李自成带着这三位皇子，在崇祯十七年（1644 年）四月前往山海关，征讨拒不归顺的宁远总兵吴三桂。但是由于吴三桂暗中引清兵（后金于崇祯九年（1636 年）改国号清）入关，在一片石伏击大顺军，导致李自成兵败，不得不退兵，并最终撤离京师返回西安。
在兵败的混乱中中，朱慈烺、朱慈炯、朱慈炤三兄弟奇迹般地摆脱了大顺军的监视和挟持，从乱军中逃脱，但是三兄弟也因此失散，此后再也没有见面。
皇太子朱慈烺脱险后，历尽艰辛从山海关逃回京师，此时京师已经落入清军之手。为了自保，他在京师隐居于好心人家半年之久，直到崇祯十七年（1644 年）末，局势逐渐安定，朱慈烺才找到了尚居于京师的外祖父周奎家，想避难于此。但周家反而将其出卖，献给了清摄政王多尔衮。多尔衮既不想留着朱慈烺，导致明朝旧臣奉其为主，从而对清军统治中原不利；同时也不能公开将其杀害，那样则让清军“为明朝报君父之仇”的说法不攻自破。
于是，多尔衮使用了一箭双雕之计——指使人出面举证，说太子是假的，系冒充之人。先后让太子外祖父周奎、宫中侍奉太监、随驾锦衣卫等指证，凡言太子是真者皆下狱处死，这样一来，再也没有人敢于说太子是真的了。于是多尔衮将真正的皇太子朱慈烺以“假冒太子”的罪名处死。这是顺治二年（1645 年）四月的事情，皇太子朱慈烺时年十七岁。
皇三子定王朱慈炯，在被大顺军带往山海关战场、并兵败一片石后，就神秘地消失在人世间，从此再也没有他的任何消息出现，只在史书上留下了“十七年、京师陷，不知所踪”的记载。
但是他的“朱三太子”称号，却被后世众多义军反复使用，在顺治八年（1651 年）、康熙十年（1671 年）、康熙十九年(1680 年)、康熙四十八年(1708 年)、康熙六十年(1721 年)、雍正七年(1729 年)，甚至乾隆初年，都有义军以此名号举事，以对抗清朝，其中尤以康熙十年（1671 年）京师人杨起隆用“朱三太子”旗号举兵起事最为声势浩大。
就连康熙十二年（1673 年）吴三桂在云南发动反清举兵，都是用“朱三太子”的名号，号称当年是周、田二皇亲暗中将“朱三太子”托付于己，委托自己保存皇家血脉，将来恢复大明社稷。以此聚积人心。
自乾隆中期以后，因为按照年龄来算，“朱三太子”即使活着，也是超过百岁高龄的老者，义军举事不便再他为旗号，所以“朱三太子”才逐渐从人们的视线中消失，不再成为起义者的旗帜和号召力了。
皇四子永王朱慈炤，在崇祯十七年国变的时候年仅十二岁，还是一个懵懂少年。和两个哥哥早早遭逢多舛命运不同的是，他在李自成兵败一片石时，趁乱逃走，并在大顺军撤出京师的时候被一个姓毛的大顺军将领收留。之后二人一路南逃，来到河南，在这里种了一年的地，相依为命。
顺治二年（1645 年），清军抵达河南，在当地清查起义军余部，毛姓将领不能存身，只得告别朱慈炤，只身逃往他乡。临别前他嘱咐朱慈炤，不要留在河南，赶紧逃往南方藏身。
少年朱慈炤孤身一人，历经艰辛流浪四方，顽强地挣扎在乱世中，在逃亡到明朝皇室祖籍地凤阳的时候，他被一位致仕的前朝姓王的给事中得知身份，王给事中顾念圣恩，将朱慈炤收留在家中，并给他改名“王士元”（即：原是王）。
顺治七年（1650 年），王给事中去世，十九岁的朱慈炤为避免连累王家，离开了凤阳，再次漂泊于四方，过着颠沛流离的生活。数年后，他流落到浙江余姚，在一座寺庙里落发为僧，以此安身。机缘巧合下，一位当年曾经在京师当过前明官员的胡姓乡绅到庙里进香，认出了朱慈炤。
心怀大明的胡乡绅立即向朱慈炤表明了愿意保护照顾他的心迹，并把他带回自己的家，还把女儿嫁给他，让漂泊了近十年的朱慈炤终于得以不再流浪，生活安定下来。从比，朱慈炤就以王士元的名字，在余姚定居下来，并以在私塾教书为业。这样的日子，一过就是五十年。
改名王士元的朱慈炤，在之后的岁月中平静的生活着。他和胡乡绅的女儿成婚后，又纳一妾，并先后生了六个儿子、三个女儿，还有了一个孙子，算是子孙满堂了。他对自己的身世守口如瓶，几乎没有向人吐露过实情，所以除了岳父胡乡绅和妻子胡氏之外，没有人知道他就是当年的皇四子永王朱慈炤。胡乡绅故去后，更是只有胡氏知道这个秘密。
但是朱慈炤身为大明皇室子孙、思宗的皇子，即使隐居民间几十年，到底也没能摆脱自己心中那高人一等的意识，和根深蒂固的皇家思想。他在给儿子们命名时，都是按照“和”字排辈，而且后一字一律带“土”偏旁，孙子的名字也是“怡”字辈，后一字带“金”偏旁。这些怪异的命名，和他平日里那掩饰不住的贵胄气质，终于泄露了他的身份，不少抗清义军都来到余姚暗地里寻找他，想要拥戴他为主，作为举兵起义的旗帜。
朱慈炤少年失国流浪，又隐居了几十年，再也没有恢复社稷的雄心，义军们要把他拥戴为主的举动使他又害怕又羞愧。为了不使双方都难堪，他选择了避开，从余姚迁到宁波镇海、又从镇海迁到湖州长兴，以求安稳。但这并没有使他躲过灾祸，他的身份最终还是给他带来了灭顶之灾。
康熙四十六年（1707 年），清军击破了在浙江四明山区坚持抗清活动的张念一部（一念和尚），而一念和尚恰恰当年曾经到余姚寻到过朱慈炤，而且知道之后朱慈炤的行踪。在严刑拷问下，一念和尚透露了化名王士元的思宗第四子朱慈炤的行踪。
得到消息后的清廷大吃一惊，康熙帝严令江南地方官员缉查搜捕，要把朱慈炤捉拿到案。长兴县官吏得到命令后，不敢怠慢，马上实施抓捕。大难临头之下，朱慈炤才向全家人告知了自己的真实身份，并要大家赶快分头躲避。
此时朱慈炤的儿子已经有一人去世，尚余五子一孙。为保全家族男丁，不拖累他们避难，朱慈炤的一妻一妾和大儿媳及三个女儿都自缢身亡。剩余七位男丁则分头逃避。朱慈炤自己带着两个儿子躲避到山东汶上县，改名张用观，以给别人当家庭教师为生。其余子孙也纷纷四散逃亡。
康熙四十七年（1708 年），躲藏在汶上的朱慈炤父子还是被官府寻迹而至，最终被捕。在清朝官吏口中，朱慈炤得知了自己其他三子一孙也都被官府擒拿，关在杭州，孙子已经瘐死于狱中。五十多年的隐居躲避，最后他还是没有能逃脱被搜捕追杀的命运。这一年，朱慈炤七十六岁。
在之后的审讯中，朱慈炤承认了自己就是前朝皇子，思宗崇祯帝的第四子。但是在主审官询问他为何谋反时，他回答：
“我今年七十余岁，鬓发皆白、血气已衰；当年三藩作乱时我都没有造反，何况如今太平清宁之日。再者造反要占据城池，囤积粮草，聚集人马，打造兵器；这些事情，我做没做过一件呢？”
主审官员听到回答后，也觉得合情合理，对于这样一个迟暮老人，也不便太过苛刻，于是把问案卷宗汇总，向康熙帝上报，请朝廷定夺。
但是康熙帝得到奏报后，直接下达诏令：“其虽无谋反事，但朱家父子不可有。”同时，为了混淆视听，证明这个被抓获的朱慈炤是假冒的，康熙帝使用了当年多尔衮的那一招，故意把朱慈炤和五弟朱慈焕调换排行，由三法司审讯并断案：
“查王士元供系称前明庄烈帝第五子，而庄烈帝第五子朱慈焕已亡故于崇祯十四年。又遵旨传前明年老太监辨认，皆言不识。王士元确系假冒，依律应凌迟处死。”
因为清朝有意为之，混淆了朱慈炤和朱慈焕的排行，才导致后世史料中，有分不清朱慈炤、朱慈焕兄弟二人的生平和排行的情况。
