关于问题建文帝失踪后，朱棣是如何对待他的妻儿的？一共有 2 位热心网友为你解答:
【1】、来自网友【林潇八点档】的最佳回答：
建文帝失踪后，朱棣表面上还是善待了他的妻儿及大部分臣属，这个表面善待其实也就是没有对这些人问罪论斩，但也并非轻松放过，而是采取了看管的方式。
一、被杀者众，株族者众
说到古代罪责严苛时，往往有”诛九族”一说，但真实的历史上，很少有人罪行严重到诛九族。可明代的方孝孺一定是个例外，因为据说他家是被“诛十族”，连门生故旧都算作了一族。
但这种“诛十族”的惩处并未记载在《明史》等正史中，民间史料以及当地县志等记录甚广，许多人都认为是真实的，当然诛十族未必十族尽诛，有漏网之鱼也很寻常。
《明史》中记载的“丁丑，杀齐泰、黄子澄、方孝孺，并夷其族。坐奸党死者甚众。”
这段文字中，虽然没有明确记录因为奸党罪而被处死的人有多少，但”甚众”已足以说明，人数不少，朱棣上位后并没有放过建文帝旧臣，而是广兴杀戮。
二、建文帝后代的结局
根据《明史》记载，建文帝共有二子，都是马皇后（建文帝的皇后也姓马）所生，其中太子朱文奎，建文元年即立为皇太子，在燕军入京师的时候才七岁，与其父一样消失无踪。
小儿子朱文圭，燕军入京时才二岁，构不成威胁，因此被幽禁在中都广安宫，号为建庶人。
所谓中都，即朱元璋的老家凤阳。
“释建文帝幼子文圭及其家属，安置凤阳。”
这一关就是几十年，直到明英宗复辟，因为自身经历，便开始同情这位隔房的亲戚，想要将朱文圭放出来，大臣们却认为不可以。英宗道：“有天命者，任自为之。”遂请于太后，命内臣牛玉往出之。
从孩提时被幽禁，直至被放出，朱文圭已经 57 岁了，放出没多久就过世了。
而在他被释放的这段短暂时光内，英宗大概是为了表示自己的宽待，不仅让朱文圭住在凤阳，婚娶出入任其自便，还给他派了十余婢妾，二十个奴仆（阍者意为守门人，但朱文圭应该没有那么多门要守吧，监视者恐怕更为恰当）。
由此可知，明面上建文帝的后代是被燕王一脉看管留了一条小命，但背地里那位七岁即失踪的小太子究竟怎么回事，也就见仁见智了。
连建文帝都能失踪，一个七岁太子失踪也就不足为奇。
三、建文诸臣家属的去处
除了建文帝的后代被监管，其臣属没有被燕王收用的，也受到了严厉处罚，其家属同样成为罪臣亲眷，被充作奴仆。
比如《明史》中就有多处记载皇帝对建文诸臣家属的宽宥：
诏礼部：“建文诸臣家属在教坊司、锦衣卫、浣衣局及习匠、功臣家为奴者，悉宥为民，还其田土。言事谪戍者亦如之。”
“宥建文诸臣外亲全家戍边者，留一人，余悉放还。”
由此可知，建文帝的大臣家属大部分成为了奴隶或者戍边将士，但在数年之后也逐渐得到赦免，不过，这部分人应是忠于建文帝的大臣，而非两头卖好的墙头草、中间派。
小结：
建文帝作为政治斗争的失败者，其结局令人唏嘘，其后代虽未被朱棣直接处死，但一生幽禁毫无自由，这样的代价未免太重。
可对比那些早早丢掉性命的忠臣良将们，苟活一世似乎又确是一种优待。
如果朱允炆当年没有逃走而是被活捉，恐怕也是暗地里一杯毒酒的结局，而绝不可能容他活到 57 岁。
【2】、来自网友【楼哥看历史】的最佳回答：
建文帝究竟是什么下场？是失踪还是自杀？历来众说纷纭。
依笔者看来，朱棣既然精心策划了金川门之变，又岂会对皇帝的结局没有任何预案？不管是“自杀”还是“被自杀”，朱允炆一定是死在了奉天殿的那场大火之中。皇帝死了，皇后、皇子该怎么处置？朱棣素来以残酷著称，他是将他们彻底斩草除根了吗？
孝愍让皇后
马氏，光禄少卿马全之女，洪武二十八年（公元 1395 年）十月十三日册为皇太孙妃。
建文帝朱允炆，懿文皇太子朱标次子，洪武二十五年（公元 1392 年）九月册封为皇太孙。朱标一共五子，其中长子朱雄英和第三子朱允熥乃皇太子妃常氏所生，次子朱允炆、第四子朱允熞和第五子朱允熙乃皇太子继妃吕氏所生。
马皇后剧照
作为一个庶子，朱允炆原本应该没有想过自己会成为帝国的接班人。但随着他的嫡母常氏和长兄朱雄英相继去世，生母吕氏又从次妃被提拔为继妃之后，朱允炆心中燃起了夺嫡的欲望。而在父亲朱标去世之时，朱允炆哀痛欲绝的表现也感动了祖父朱元璋。经过通盘考虑，老皇帝不但放弃了太子元嫡朱允熥，还将其舅公凉国公蓝玉、舅舅开国公常升等武将勋贵全部处死。
光禄寺和大理寺、太常寺、太仆寺和鸿胪寺一起被称为“明代五衙门”，大体来说就是给皇家的祭祀和国宴提供后勤保障的机构。光禄寺设卿一人，从三品；少卿二人，正五品。换句话说，为了防止外戚干政，朱元璋为朱允炆选了一位这位出身并不高的皇太孙妃。
洪武三十一年（公元 1398 年）闰五月十日朱元璋驾崩，皇太孙朱允炆即位，改明年为建文元年。建文元年（公元 1399 年）二月，皇太孙妃马氏被册封为皇后。
建文四年（公元 1402 年）六月十三日，朱棣麾下的靖难大军由金川门杀入京师。从各方面史料来看，不管朱允炆之死是否存在争议，这位明朝第二位马皇后肯定是死在了大火之中。
四年六月，城陷，崩于火。—《明史卷一百十三·列传第一》
谷王橞及李景隆叛，纳燕兵，都城陷。宫中火起，帝不知所终。燕王遣中使出帝后尸于火中。—《明史卷四·本纪第四》
帝见而大恸，急命举火焚大内。皇后马氏赴火死。—《明史纪事本末卷十七·建文逊国》
朱允炆剧照
朱棣即位之后没有给建文帝朱允炆上谥号和庙号，自然也就没有追谥马皇后。一直到明末崇祯帝朱由检在北京自尽殉国，小福王朱由崧在南京登基称帝之后，为了凝聚江南文人士子的人心，南明朝廷为朱允炆上庙号为惠宗，追尊为嗣天章道诚懿渊功观文扬武克仁笃孝让皇帝，马皇后则被追尊为孝愍温贞哲睿肃烈襄天弼圣让皇后。
恭愍太子
朱文奎，马皇后嫡长子，生于洪武二十九年（公元 1396 年）十月三十日。在大明王朝 276 年的历史中，朱文奎是绝无仅有的一位皇曾孙。能够看到自己的曾孙，按理说是一件值得庆贺的事，但史书中却说朱元璋对朱文奎的出生并不高兴。这到底是历史真相，还是朱棣篡位后恶意抹黑，也就见仁见智了。
甲寅，皇曾孙文奎生，皇太孙允炆长子也。上曰：“十月，数之终，又生于晦日。”命内庭勿贺。—《明太祖实录卷二百四十六》
朱棣剧照
建文元年二月，朱文奎被册封为皇太子，时年仅 4 岁。作为朱允炆之下的第二号人物，靖难大军入城之后，朱文奎竟然在乱军之中失踪了。当然按照某些野史爱好者的说法，朱文奎与父皇朱允炆兵分两路出逃，他的最终落脚点是在湖广永州新田县。此说是真是假，读者可自行分辨。
燕师入，七岁矣，莫知所终。—《明史卷一百十八·列传第六》
南明时弘光帝追封朱文奎为恭愍太子。
润怀王
朱文圭，马皇后嫡次子，生于建文年间。宫中大火，父皇、皇兄失踪，母后殉国之际，这位皇子年仅两岁，连话都说不清楚。据说他见到朱棣后拉住这位叔祖的衣袖，嘴里含糊不清地说着“饿”，让永乐皇帝起了恻隐之心。
朱文圭卡通画
据明史的记载，朱文圭被朱棣送到凤阳，幽居于中都广安宫。但是据明实录，朱文圭应该是在天顺元年（公元 1457 年）才被送往凤阳居住，至于此前他住在哪里，无可考证。
又敕在廷文武群臣曰：朕恭膺天命，复承祖宗大统。夙夜忧勤，欲使天下群生咸德其所，而况宗室至亲者哉？爰念建庶人等自幼为前人所累，拘幽至今五十余年。悯此遗孤，特从宽贷。用是厚加赏赉，遣人送至凤阳居住。月给廪饩，以安其生。仍听婚姻，以续其后。庶副朕眷念亲亲之意。—《明英宗实录卷二百八十三》
这里略作解释，天顺元年原本是景泰八年，年初的皇帝是朱祁钰（明宣宗朱瞻基次子、朱棣曾孙）。当年正月十七日，幽禁在紫禁城外南宫长达七年的太上皇帝朱祁镇，联合石亨、徐有贞等野心家发动政变，将皇位从弟弟朱祁钰手上重新夺了回来。
朱祁镇之所以会成为太上皇帝，是因为他在正统十四年（公元 1449 年）御驾亲征，结果在土木堡做了瓦剌人的俘虏。被放回大明之后，只能以太上皇帝的身份灰溜溜地住在南宫之中。现在政变成功，既为了笼络人心，又因为自己的囚徒生涯而对朱文圭产生同情，于是决定将朱文圭释放。朱祁镇的这个决定自然也引起了朝野上下不小的争议，但他在内阁首辅李贤的支持下不为所动，这一点还是令人敬佩。
上复位之后，因思建庶人辈无辜淹禁将五、六十年，意欲宽之。一日，谓贤曰：”亲亲之意，实所不忍。”贤即对曰：”陛下此一念，天地鬼神实临之，太祖在天之灵实临之，尧、舜存心不过如此。”上遂决。即日白太后，许之。左右或以为不可，上曰：”有天命者，任自为之。”左右闻之，皆愧服不能止。—《天顺日录》
明英宗朱祁镇剧照
《明史》记录朱文圭获释后不久就去世（未几卒），这若非史官读书不精，便是故意使坏。十年之后的成化三年（公元 1467 年），巡抚淮扬、右副都御史滕昭认为凤阳“城池不修”，建庶人朱文圭就这样住在城中风险实在太大，希望能将他移送至有军卫的城池看管，当时的皇帝明宪宗朱见深以“安置已定”的理由否决了这项提案。基本的小学算术题，1467 减去 1457 等于 10。既然时间已经过去十年，自然谈不上“未几卒”。
建、吴二庶人送置有军卫城池处，或凤阳旧中书省，严加防范。庶亲亲之意不失，而防守之虑亦严。—《明宪宗实录卷四十七》
不过还有一种奇特的说法，指出朱祁镇所释放的建庶人根本不是朱文圭，而是朱祁钰的遗腹子“见庶人”。朱祁镇暗害了弟弟之后，还把他儿子按到朱允炆的名下，彻底断绝其继承大统的可能性。
这可真是滑稽，朱祁镇既然连弟弟都杀了，再杀个侄子还嫌多吗？而且如果比较朱祁镇和朱祁钰兄弟二人，自然是朱祁镇更为正统。但若把侄子过继到朱允炆的名下，这说起来岂不是比当朝皇室更正统吗？再说朱祁钰所有的妃子，除了废后汪氏以外，都被朱祁镇一股脑都给弟弟殉葬了，哪儿来的遗腹子？此说荒诞不羁，当为以讹传讹。
朱祁镇、朱祁钰兄弟剧照
朱文圭是否有后人，史书未载。但是万历朝举人、明代著名文学家沈德符在其所著《万历野获编》中记录了一个故事，透露了朱文圭似乎尚有后裔。南明时，朱文圭被追封为润怀王。
按宏治中台州人缪恭走京师，上书言六事，其一请封建庶人之后为王，以奉懿文祀。通政司大怒，谓为讨死，囚之兵马司，以其疏上。上不罪也。—《万历野获编卷一·园庙缺典》
结语：从史书记载来看，朱允炆只有一位皇后和两位皇子。马皇后应为自尽，争议不大。朱文奎到底是失踪还是被失踪，争议较大。如果朱允炆真的化妆出逃，没理由不带着已经记事的皇太子朱文奎。至于朱文圭，他被囚禁了 55 年，在暮年才重获自由。但在此之后至少存活了十年，而且似乎还有子嗣。
此外朱允炆做了六年的皇太孙和四年的皇帝，似乎不太可能只有马氏一位正妻。但是朱棣大军攻破京师南京之后，曾经清宫三日，这些妃子想必都被逼着殉葬先帝了。
清宫三日，诸宫人、女官、内官多诛死，惟得罪于建文者乃得留。—《明史纪事本末卷十六·燕王起兵》
