关于问题倭寇之乱几乎贯穿整个大明朝，为什么到了大清帝国就销声匿迹了？一共有 2 位热心网友为你解答:
【1】、来自网友【历史长河边的磨坊】的最佳回答：
并不是不见了，而是倭寇没有了生存的空间。
明朝的倭寇真倭只有一二成，其它的是”自己人“，且这些人的主业并不是抢劫，而是海上贸易，能做生意赚钱就不会去打劫。而这些”人“的背后金主就是沿海边的地方豪强，这些人背后的关系可以追溯到明朝的高层，比如明朝启用朱纨提督浙江、福建海防军务，也就断了这些人的财路。
于是兵部侍郎詹荣（福建尤溪县人）、巡按福建御史陈九德、兵部尚书翁万建等人相继弹劾朱纨擅自杀戮，将朱纨搞死。而且明朝嘉靖时的首辅徐阶（松江府华亭县人）家的子弟，也参入过海上贸易。
明朝搞不定海盗，就是因为内部的利益集团与海盗的联系。但清朝不一样，扬州十日等等，直接将这些人镇住了，用最直接办法——杀。倭寇（海盗）们没有金主的支援，力量自然就弱了。
二是，清朝为对付郑经，将大陆离海五十里的地方全部清空——人为制造五十里的无区，也就是迁海令。
清顺治至康熙 (1644—1683) 年间关于东南沿海各省人民内迁 30—50 里的诏令，清朝规定“凡有反抗不迁者杀之。”沿海百姓的强制迁走，造成郑经势力实力大减，无法从沿海获取贸易，得到利益，对一些海盗们也一样。
三是，日本于 1600 年关原之战，德川幕府统一日本，1615 年大坂陷落，日本丰臣氏灭亡。德川幕府也搞的“闭关锁国”政策。1644 年清军入关，时间上，海上已没有大量的真倭。
所以进入清朝，海上已经没有强大的力量。
【2】、来自网友【晓东笔谈】的最佳回答：
明朝中后期倭寇肆虐而清朝去没有倭寇之乱，原因有四个，但出乎意料的是，最主要的原因其实在于日本方面。
第一个原因当然是因为明朝中后期自己实力的下降，给了日本浪人可乘之机。
严格意义来说，“倭寇”并不都是日本人，甚至其中的主力都是明朝东南沿海的那些亦商亦盗的本土海上势力，因为其中夹杂了部分日本武士、浪人，而且这些人武艺高强，是犯罪集团里面的高级战力，又时常扰民、对抗官府，因而被扣上了“倭寇”之名。
《明史·日本传》：
大抵真倭十之三，从倭者十之七。
《世宗实录》：
盖江南海警，倭居十三，而中国叛逆居十七也。
“倭寇”与大海盗
王直、徐海
等勾结，在江浙、福建一带打家劫舍；由于明朝朝政腐败、军队腐朽，战斗力弱，以及官员之间的敷衍及推卸责任，对“倭寇”的打击一直难以奏效。
直到
戚继光、俞大猷
的出现，对“倭寇”展开了一连串的暴击，这才解除了盘踞东南多年的“倭寇”之害，一大批“倭寇”势力被打垮、打散。
第二个原因是明朝末年郑成功等集团抢占了海上势力，“倭寇”生存空间被大大挤压。
“倭寇”之所以放着安稳日子不过，天天在刀口上过着舔血的日子，无非是为了逐利，做杀人放火的生意赚钱，混口饭吃。
海上是“倭寇”最后的生存之地，没想到被戚继光、俞大猷一阵痛打赶到海上后，没过几天安稳日子，突然发现连海上都没有他们的立足之地了。
郑芝龙、郑成功父子
比戚继光、俞大猷更绝，完全不给“倭寇”活路。
先是郑芝龙海盗集团硬生生从“倭寇”手里抢走了从日本到台湾再到南洋这一广大海域的市场，后来又跟西班牙人、荷兰人争夺贸易主导权，“倭寇”完全被晾在了一边，根本没资格。
郑芝龙的儿子郑成功，更是鸟枪换炮，从海盗集团升级成正规军，又占据了台湾岛，把西班牙人、荷兰人都赶走了，独占了东南沿海的海运。
“倭寇”连在海上安身立命的地方都没了，更不可能跑骚扰中国沿海地区了，想去也去不了啊！
第三个原因是清朝实行严厉的“海禁”政策，“倭寇”都见不着沿海百姓的影子！
清朝统治者为了对付郑成功集团，弄出了一个“迁界禁海”政策 就是将所有的沿海居民都内迁 50 里，沿海一带基本就没有百姓了。
这样一方面大大减少了中国沿海百姓以及海上势力勾结“倭寇”的可能性，铲除了“倭寇”发展、壮大的土壤；另一方面“倭寇”即使千辛万苦登录沿海，也没有什么可以抢的。
第四个原因也是最主要的原因在于日本统一了。
“倭寇 ”乱不乱、狂不狂，关键在于日本自己太不太平。
日本
镰仓—室町幕府
过渡时期，日本政局不稳，“倭寇”就开始闹事；室町幕府建立后，稳住了国内局势，在中国东南沿海闹事的“倭寇”就基本消失。
等到了日本战国时期，又是一片大乱，国内大名谁也不服谁，整天打来打去，被打败的武士和浪人就又开始聚集成“倭寇”闹事。
强人
织田信长
起来后，“倭寇”现象又有好转；等到
丰臣秀吉
一死，日本国内又乱作一团，又开始闹“倭寇”。
日本在这一段时期，中国处于明朝时期，所以“倭寇”活动就比较猖獗。
等到了清朝时期，日本进入了
德川幕府
时期，难得的出现了统一的太平局面，“倭寇”现象随之慢慢减少。
再加上德川幕府实行“闭关锁国”政策，严禁日本人及日本船只出海，偷渡者直接处死；甚至对于那些从日本之外返回的人，只要他们在日本国外有房屋，回日本后也是直接被处死。
德川幕府的政策如此严厉，那些武士、浪人也不敢冒着生命危险出海，毕竟他们做“倭寇”也是迫不得已，好不容易出去抢了东西，回来又要被处死，太不划算了。
